朱允?1377年十二月五日出生，生母是吕妃，父亲懿文太子朱标。洪武三十一年（1398年）闰五月，朱元璋驾崩，终年71岁。皇太孙朱允?继位，改年号建文，称建文帝。因削藩，导致叔父燕王发动“靖难之役”。建文帝的帝王之旅，四年即告结束，国破人不知所向。清乾隆皇帝追谥恭闵惠皇帝。南明安宗朱由崧追尊建文帝为嗣天章道诚懿渊恭觐文扬武克仁笃孝让皇帝，庙号惠宗。
太祖立储
明太祖朱元璋是历史上了不起的皇帝，他由一个放牛娃、寺庙里的小沙弥，经过十几年的戎马生涯，一举扫荡群雄、推翻元朝，开创了大明基业。他深知，创业难，守业亦难，因此十分重视对接班人的培养。他登上皇位的同时，就册立了长子朱标为皇太子，并延请名儒宋濂等人为太子之师，希望能将朱标培养成为一代明主。然而天有不测风云，洪武25年（1392年）四月，年仅38岁的皇太子朱标英年早逝，史称“懿文太子”，这令朱元璋异常伤心。朱元璋制定的嫡长子继承制受到了考验，朱元璋不得不重新选择他的继承人。而若根据嫡长继承制度,应该将皇位传给太子的长子,也就是虞怀王朱雄英，但是雄英于洪武15年（1382年）5月薨，这样朱标次子朱允?就成为首选。
然而朱元璋担心朱允?儒雅仁柔，难以担负起治理国家的重任。此外，朱元璋也曾考虑过从几个儿子中选择。二子秦王朱?此时最长，但他实在玉不琢不成器，荒唐成性。四子燕王朱棣文韬武略，有许多地方都与自己非常相似，是个不错的人选。一次，朱元璋对几个心腹大臣流露出立燕王的可能性时，翰林学士刘三吾认为不可，“立燕王，置秦、晋王于何地？且皇长孙四海归心，皇上无忧矣。 ”当时朱元璋已经分封了诸王，而且皇二、三、四子分别被封为了秦、晋、燕王，三人的封地都是边境重镇，而且手握重兵，一但由于争储而出现内讧，后果将非常严重。朱元璋于是下定决心，9月，立朱允?为皇太孙。
洪武三十一年（1398年）闰五月，明太祖朱元璋驾崩，终年71岁。遗诏命皇太孙朱允?继位。
建文登基
洪武三十一年（1398年）闰五月，明太祖朱元璋驾崩，终年71岁。朱允?即位，改年号建文，称建文帝。从年号来看，一个建文，一个洪武，二位皇帝的性格截然不同，而且朱元璋不愿立皇太孙的一个重要原因就是朱允?像他的父亲一样，过于柔弱，过于仁慈，受儒家思想的影响太严重，恐怕日后会吃大亏。
生性“仁明孝友”的朱允?，22岁的时候被推上了权力的巅峰，承继了朱元璋开创的一统天下，改年号为建文。然而，细心的大臣会发现，新君的脸上并没有君临天下的惊喜，更多的则是愁容。是啊，年轻的皇帝面前有两道难解的题目：一是如何改变太祖建国以来形成的动辄杀戮的严峻政治氛围；二是如何解决太祖分封宗藩形成的尾大不掉的局面。也许太祖朱元璋生前并没有想到，外表仁弱的皇太孙登基伊始就开始着手变革他所开创的大明王朝。
建文帝即位之后，一改洪武时期的紧张气氛，使中国大地吹过了一阵清风，他重用黄子澄、齐泰、方孝孺等文人，对先朝的政治实行改革，为无论是百姓，还是官吏都创造了一个宽松的环境。建文帝实行惠民政策，减免租赋，赈济灾民，老弱病残者由国家扶养；重视农业生产，兴办学校，考察官吏，任用贤能，派侍郎暴昭、夏原吉等24人充任采访史，分巡天下，以体察情。
建文新政
洪武年间，经过太祖朱元璋的整治，当时国家统一，社会安定，经济得到了恢复和发展，吏治较以前大为清明。然而他生性“雄猜好杀”，屡次兴起大狱，动辄杀戮，政治气氛非常凝重，文武大臣人人自危。建文帝对局势有着深刻的认识，因此继位伊始，就着手改革，改变了太祖朱元璋的一些弊政 ，史称“建文新政”。
太祖朱元璋用武力夺得天下，自然而然地形成了右武的局面。洪武时，军事衙门大都督府的左右都督都是正一品，都督同知也是从一品，而六部尚书却只有正二品。《大明律》中明文规定文官不许封公侯，因此朱元璋的主要谋士刘基仅仅得封“诚意伯” ，而武将得封公侯者多，称王者也不少。这种局面下，文官在议论朝政中的地位可想而知 。
建文帝有意结束其祖父尚武的政风，大力加强文官在国家政事中的作用。初登大宝之时，他自己确定新年号为“建文”，与乃祖父“洪武”刚好形成鲜明的对照，从中可见建文帝治国方略的改变。他还立即将六部尚书升为正一品，大开科举考试，并下诏要求荐举优通文学之士，授之官职。
建文帝身边几个被委以重任的大臣也是饱读诗书的才子。兵部尚书齐泰，洪武十七年（1384 ）应天府乡试第一，次年进士。太常寺卿兼翰林学士黄子澄，洪武十八年（1385）会试第一，与齐泰同榜。翰林侍讲方孝孺是建文帝身边的主要谋士，幼时就以聪敏机警著称，后师从当代名儒宋濂，诗文为时人所推崇。据说后来成祖入南京继帝位时，怪僧姚广孝怕成祖杀他，为之求情，说杀了方孝孺天下读书的种子就绝了。正是因为建文帝所依赖的大臣多为这样的文人，所以人称新朝廷为“秀才朝廷”。这种情况下，文人获得了比以前更高的政治地位，再也不用担心像洪武朝那样动辄以一言获罪的情况，因此他们胆量也大了，对朝政敢于表达自己的意见，对建文帝忠心耿耿，这也是后来大批文臣甘愿为建文帝殉难的原因。
宽刑省狱。建国之初，太祖朱元璋以刚猛治国，乱世用重典，法外用刑情况严重。他认为：“法严则人知惧，惧则犯者少，故能保全民命。法宽则人慢，慢则犯者众，民命反不能保。”因而，屡兴大狱，杀的人很多；还使用了许多恐怖的刑罚，如抽筋、剥皮、阉割、凌迟等，因此有获罪的大臣跪求“臣罪当诛，谢主隆恩”，比较起来，能被砍头也成了幸运的事。
建文帝在当皇太孙时就已经意识到太祖用刑过猛，因此登基后力图改变这种情况。他在做皇太孙时就向祖父请求更定《大明律》。他以《大明律》与历朝法律作比较，认为《大明律》用刑过重，改正了其中量刑较重的部分律法。其父朱标生前曾练习处理国事，以宽大为怀。朱标死，太祖也叫朱允?断刑狱之事，朱允?一如其父风格。那时，他就获得了广泛的称誉。如今即位，他要全面改正洪武吏治，力图创造出和谐的宽政。建文帝即位仅一个多月，下诏全国行宽政、平反冤狱。洪武时期的一些冤假错案得到了纠正，一批无辜的官吏得以恢复自由，被发配远方的人也得以回到家乡。据记载，建文朝监狱里的罪犯比洪武朝减少了三分之二。建文帝的这些措施实际上是对太祖朱元璋严刑峻法的一种调整，也反映了建文帝与太祖执政风格的迥异。
减轻赋税。建文元年（1399）正月，建文帝令减轻江浙地区的田赋。明初以来，江浙地区的田赋明显重于其他地方，这是因为朱元璋憎恨江浙地区的缙绅当年依附张士诚而采取的惩治措施。另外，朱元璋特意规定江浙人不许担任户部的职位，目的在于防止江浙人偏袒家乡。建文帝则认为江浙重赋只是用惩一时，不应该形成定制，既然田赋减轻了，浙东人自然也可以担任户部的官职。他还针对寺庙侵占民田的情况，下令僧道每人占田不得超过5亩，多余的要退官，分给农民。
然而，建文帝在安定的生活中成长，接受的是儒家学说的熏陶，缺少对现实的了解，而且他所重用的大臣也多是读书人，因此改革中难免有理想主义色彩。他接受方孝孺的建议，甚至要恢复西周时期的井田制度。他还使用一些《周礼》中的官名，依古制改革某些官职。中国后世的知识分子有着强烈的崇古情结，言必称三代，似乎那时的制度是完美的，那时的社会是理想的，今不如昔。其实，且不说井田制是否真正的执行过还有争论，即使有过井田制但在今天的情况下，复古这些制度是没有任何意义的。从这一点我们不难发现，建文集团过重的文人气息，成为他最后失国的一个主要原因。
锐意削藩。太祖朱元璋建立明朝以后，为保证大明国祚绵长，亲自设计、制定了多项重要政策，并以宝训的形式固定下来，要求后代子孙严格遵守，大臣有敢轻议者严惩不贷。分封宗藩就是其中一项重要政策。朱元璋先后于洪武三年（1370）、洪武十一年（1378）、洪武二十四年（1391）三次共封25人（二十四子和一个从孙）为藩王，分镇全国各地。朱元璋认为 ，“天下之大，必建藩屏，上卫国家，下安生民。今诸子既长，宜各有爵封，分镇诸国”。 藩王的权势很重，拥有自己的军队，少则三千，多则数万。特别是北方边防线的几名“塞王 ”，拥有指挥军队的权力，如宁王朱权“带甲八万，革车六千”，连朵颜三卫都要听他调遣 。太祖朱元璋本意是要以藩王来确保朱家江山，却没有想到虽然为继任者去掉了骄兵悍将这根尖刺，却留下了拥兵自重、尾大不掉的宗藩这另一根尖刺。当时的有识之士，已经清醒地认识到宗藩为“三忧”之一（另两忧为边防和河患），多次上疏太祖。朱元璋不允许有人要改变这项政策，甚至加以杀戮。然而他没有想到，在他刚刚辞世不久，他亲立的皇太孙就因此而丢掉了皇位，真是莫大的讽刺。
改革削藩
藩王拥兵自重、分踞一方的形势成为建文帝心腹大患，使他常常难以入眠。建文帝知道，虽然自己贵为天子，但是以朱棣为首的藩王多是自己的叔叔，正挟重兵虎视眈眈，未必会把自己放在眼中。他还清晰地记得，一次只有燕王和他在的场合，燕王以手拍他的后背，以开玩笑的口吻对他说：“不意儿乃有今日！”这情景恰巧被太祖朱元璋看见了，责问朱棣怎敢如此无礼。建文帝急忙为朱棣开脱，但心里却久久不能平静，从那时就开始考虑如何处理宗藩问题了。
在改革中的一项重要措施就是削藩，当时的藩王多是朱允?的叔叔，而且手中都有兵权，他们在自己的藩地为非作歹，有的甚至摩拳擦掌准备造反，对建文帝造成严重威胁。燕王朱棣就是其中最有代表性的一位，当时朱元璋的前三个儿子都已经亡故，朱棣成为了皇子中的最长者，而且随着朱棣在对蒙古作战的过程中不断壮大，他已经成为了皇权最大的威胁。
即皇帝位后，建文帝依赖齐泰、黄子澄等人，将削藩付诸实际行动。建文帝削藩的第一个目标就是周王朱?。建文帝密令李景隆以北上备边的名义兵临开封，趁周王毫无准备之际突然将其抓捕，送至京师。建文帝将周王谪遣到“烟瘴之地”的云南蒙化，后又把他召回京师禁锢起来。为什么首先选择周王呢？周王朱?，朱元璋的第五子，洪武十一年（1378）封周王，十四年（1381）就藩开封。这次削周王名义上是因为周王次子告发他“异谋”，其实还有另外一层原因。藩王中以燕王朱棣实力最强、野心最大，建文帝一直以燕王朱棣为最大的对手，这次削藩的周王是燕王的同母弟，二人皆为妃所生（在此问题上有异议），关系最为密切，因此建文帝先废周王，有去燕王手足的用意。随后，建文帝又先后废湘王、齐王、代王、岷王等四王，目标直指燕王朱棣。
在削藩问题上，朝臣本来有着不同的意见。以前军都督府左断事高巍和户部侍郎卓敬为代表的一些大臣主张采用汉代“推恩”的办法曲线削藩。他们建议建文帝把藩王的权力分封给藩王所有子孙而不仅仅是嫡长子一人，而且要异地分封，这样藩王的权力就会逐渐削弱，不会再威胁到朝廷。卓敬更是建议建文帝立即将燕王迁封到南昌，既维护了亲情，又削弱了他的力量。建文帝认为很好，却没有去实行。以齐泰、黄子澄为首的大臣坚决主张削藩，但在具体削藩策略上有所不同。黄子澄认为燕王实力强大，应该先削弱小的周、齐、代诸王，去燕王的羽翼，待时机成熟再削燕王。齐泰则主张擒贼先擒王，只要先铲除燕王，其他诸王自然无力反抗了。可惜的是，建文帝听取了黄子澄的意见。建文帝并未意识到他的行动实际上已经打草惊蛇，燕王朱棣正发展势力，蓄势待发，一场大战迫在眉睫。
可以说建文帝的削藩主要是针对燕王的。但建文帝的决策错误害了他，在重大问题的决策上，这是他的第一个错误。他并没有先削燕王，而是先从燕王的同母兄弟周王下手，这样不仅引起了亲王们的岌岌自危，还打草惊蛇，使得燕王加紧做出准备。在建文帝决定对朱棣下手的时候，为时以晚，燕王朱棣迅速扯起了靖难的大旗。
妇人之仁
在最初的战斗中朝廷的兵力占绝对优势，但由于李景隆的指挥不当，明军屡遭败绩。由于兵力所限，燕军占领的城市都是很快的放弃，因此双方展开了拉锯战。在此期间明军中涌现出了一批比较优秀的将领，他们的顽强抵抗给朱棣造成了极大的威胁。但是朱允?的软弱再一次显示出来，他的一道圣旨，“我要活的叔父”使得朱棣逃过了多次劫难，建文帝的妇人之仁最终将朝廷推向了深渊。
燕王进京
经过四年的拉锯战之后，燕王分析了形势，只要建文帝在一天，地方军队就会抵抗一天，而且自己就是叛王，但如果一旦攻占了南京，赶走了建文帝，那么自己就可以成为一国之君，相信也没有多少人反对，因为大家都是观望的态度。
于是燕军绕过大城市、一路南下，当时的建文朝廷已经乱作了一团，很多地方将领按兵不动，很快燕军就攻到了南京城下，城内的亲王与某些将领又擅自开门投降，南京终于被占领，朱棣到了皇宫，看见宫中熊熊大火，建文帝下落不明，而且正如朱棣所料，地方上几乎没有人反对。所谓“靖难之役”宣告成功，朱棣称帝，改年号为“永乐”，朱棣便是明成祖。
叔侄大战
据永乐年间《实录》和《明史稿》的记载，建文帝继位后，即用兵部尚书齐泰和大常卿黄子澄谋，定策削藩。
建文元年七月，领兵在外的燕王朱棣在姚广孝等人游说下以“清君侧”为名举兵起事，从而拉开了长达四年的叔侄战争，史称“靖难之役”。“靖难”，就是削平祸乱的意思。这是燕王方面的用词。对于建文帝来说，这个词是很可笑的。燕王打着为朝廷“靖难”的幌子，却是来跟自己作战，这不是造反又是什么？（须知，这时的朝廷不是他燕王的，而是建文帝的。）有一部佚名史书，叫《奉天靖难记》，写的就是这四年战争的历史。这部书是燕王方面的人写的，后来的《太宗实录》卷一至卷九燕王即位前的内容就是以此书为蓝本增改而成的。《太宗实录》上接《太祖实录》，中间没了建文帝的实录，建文朝在明代官方历史中成了一个不存在的朝代??燕王即位以后，宣布革除建文年号，建文元年称作洪武三十二年，建文朝只称作“革除年间”。这显然是成者王侯败者寇的演绎逻辑了。于是，“靖难”就成了正经的官方历史名词。但这里既然以建文帝为主角，自然不宜以他所反对的名词来概括他的历史，所以这节就叫“叔侄大战”，实际上确实是做叔叔的夺了侄子的皇位。
建文帝原本以为自己已经准备好了天罗地网，擒拿朱棣只是早晚的事，但他明显低估了燕王的能力。战争开始之前，建文帝以防边为名，调走了燕王的护卫士兵，又派张?(bǐn?) 、谢贵到北平监视燕王的一举一动，宋忠统兵3万驻军开平，另在山海关、临清皆有军队协防，将燕王紧紧包围起来。只是建文帝没有想到，朱棣有统兵作战的经验，临危不乱，先后荡平了周围的军队。八月，建文帝命耿炳文将兵13万伐燕，兵败退守真定。九月，命李景隆将兵50万出征。李景隆只会纸上谈兵，没有实际作战经验，失败在所难免。建文帝知道李景隆的平庸后，启用保卫济南的功臣盛庸为将，取得了东昌之役的胜利，但这也无法改变燕王势力逐渐增强的事实。建文三年十二月，燕王朱棣反守为攻，率军直趋南京。六月十三日，李景隆和谷王打开金川门迎降，朱棣取得了“靖难之役”的最终胜利。
应该说，建文帝在位的4年，所积极推行的政策基本上是正确的，也是深得民心的，那又为何以失败而告终呢？
这与他削藩策略失误有直接关系。他一直视燕王朱棣为最大的威胁，然而他并没有果断地直指燕王而是先削了其他五藩，给了朱棣充分的准备时间。当初户部侍郎郭任认为先削五王在战略上犯了错误，主张尽快用兵燕王：“天下事，先本后末则易成。今南京朝天宫日储粮粟、备军实，果为何者？而北讨周，南讨湘，削燕之举则经年无期，实为舍本而图其末。用兵贵乎神速，锐气既竭，姑息随之，正所谓强弩之末不能穿鲁缟，臣恐朝廷将坐而自困耳。”郭任这段话在今天看来无疑是正确的，但建文帝当时并没有意识到。
建文下落
虽然朱棣宣称在宫中找到明惠帝的尸体，并为他举行葬礼，但朱棣对建文未死的传言不敢掉以轻心。溥洽是建文帝主录僧，《明史?姚广孝传》记载“初，帝入南京，有言建文帝为僧遁去，溥洽知状，或言匿溥洽所。帝乃以他事禁溥洽。而命给事中胡?等遍物色建文帝，久之不可得。溥洽坐系十馀年。”直到姚广孝病危时请求朱棣释放溥洽，溥洽才获释。
有野史记载，建文帝离宫后出家为僧，云游四方。有诗云：“阅罢楞言磐懒敲，笑看黄屋寄团瓢。南来嶂岭千层迥，北望天门万里遥。款段久忘飞凤辇，袈裟新换衮龙袍，百官此日知何处。唯有群鸟早晚朝。”传言此诗作者是建文帝，但未证实。
另有一说建文帝逃到东南亚，野史传闻郑和下西洋其中任务之一便是寻找建文帝。
建文帝的结局到底怎样，众说纷纭，莫衷一是，成为明史第一谜案。因为建文帝在太祖严苛统治之后，力行宽政，所以他的遭遇引起了无数人的同情，他的下落就格外引人好奇，在各种野史、戏剧里可以看到人们无尽的猜测和演绎。下台后的建文帝下落，却又成了千古疑案，众说纷坛。主要有：
1.自焚说。《太宗实录》中记载，燕王进入金川门后，建文帝也想出来迎接燕王，然而又自叹道：“我何面目相见耶!”，不得已下令焚宫，顿时火光熊熊，建文帝携皇后马氏，跳入火中自焚，妃嫔侍从等，大都亦随其蹈火而死。燕王朱棣入宫后，清宫三日，搜查建文帝下落。宫内侍人都说建文帝已自焚，并从火堆里扒出一具烧焦的尸体证明之。燕王见到尸体，分不清男女，惨不忍睹，朱棣不胜悲戚，抚尸痛哭，说他只是前来帮助皇帝学善，你又何必自寻死路呢？其继位称帝后，只得以天子“礼葬建文皇帝”燕王事后，遣官致祭，辍朝三日。《明史?成祖本纪》及《明史?方孝儒传》均持此说。近人孟森等学者也持建文帝自焚说。
2.出亡说。《太宗实录》的可靠性为人们所质疑，因为朱棣就曾经三次修改《太祖实录》，目的就是要美化自己，为自己夺取皇位寻找冠冕堂皇的理由。《太宗实录》所记的建文帝自焚事，就有很多人持怀疑的态度。由于永乐朝的政治高压、文网严密，对建文帝出亡之事没有留下记载。天顺、正德朝之后，严峻的政治环境有所好转，关于建文帝出亡说的史料开始多起来。
我们发现，越是早的史料越是含糊，越是晚的史料越是具体。万历二年十月，13岁的神宗曾向张居正问及建文帝下落一事，张居正回答：“国史不载此事，但先朝故者相传，言建文皇帝当靖难师入城，即削发披缁，从间道走出，后云游四方，人无知者。”可见首辅张居正也倾向于建文帝出亡之说。值得注意的是，民间传闻已经入天子耳中，而且这时谈论建文帝出亡已经不再是禁忌话题。
关于建文帝出亡一事，谷应泰《明史纪事本末》中的记载最具有代表性。他认为建文帝并未自焚，而是在大臣的保护下由密道逃出南京。
建文四年夏六月乙丑，帝知金川门失守，长吁，东西走，欲自杀。翰林院编修程济曰：“不如出亡。”少监王钺跪进曰：“昔高帝升遐时，有遗箧（qiè），曰：‘临大难，当发。’ 谨收藏奉先殿之左。”群臣齐言：“急出之!”俄而舁（yú）一红箧至，四围俱固以铁，二锁亦灌铁。帝见而大恸，急命举火焚大内，皇后马氏赴火死。程济碎箧，得度牒三张，一名应文，一名应能，一名应贤。袈裟、帽、鞋、剃刀俱备，白金十锭。朱书箧内：“应文从鬼门出，余从水关御沟而行，薄暮，会于神乐观之西房。”帝曰：“数也！”程济为帝祝发。吴王教授杨应能愿祝发随亡，监察御史叶希贤毅然曰：“臣名贤，应贤无疑。”亦祝发。各易衣披牒。在殿凡五六十人，痛哭仆地，俱矢随亡，帝曰：“多人不能无生得失，有等任事著名，势必穷诘；有等妻子在任，心必萦系，宜各从便。”御史曾凤韶曰：“愿即以死报陛下！”帝麾诸臣，大恸，引去若干人。九人从帝至鬼门，而一舟舣（yǐ）岸，为神乐观道士王升，见帝，叩头称万岁，曰：“臣固知陛下之来也。畴昔高皇帝见梦，令臣至此耳！”乃乘舟至太平门，升导至观，已薄暮矣。俄而杨应能、叶希贤等十三人同至。
这段话的意思用现代白话表达是：
建文四年夏六月乙丑，建文帝知金川门失守，燕军破城后，长吁短叹，无可奈何，遂想一死了之。此时少监王钺告诉他：你祖父临死时，给你留下一个铁箱子，让我在你大难临头时交给你。我一直把它秘密收藏在奉先殿内。群臣急忙把箱子抬来，打开一看，里边有三张度牒，就是做僧人的身份证，上面写好了建文帝等三个人的名字。还放着三件僧衣、一把剃头刀、白金十锭、遗书一封，书中写明：“建文帝从鬼门出，其它人从水关御沟走，傍晚在神乐观西房会集。”据此，建文帝三人剃了头，换上了憎衣，只带了九个人来到鬼门。鬼门在太平门内，是内城一扇小矮门。仅容一人出入，外通水道，建文帝弯着身子出了鬼门，其他八人随之出了鬼门后，就看见水道上停放着一只小船，船上站着一位僧人，僧人招呼他们上船，并向建文帝叩首称万岁，建文帝问他怎么知道我有难，僧人答道：“我叫王升，是神乐观住持，昨夜梦见你祖父朱元璋，他本是出家之人，叫我在此等候，接你入观为僧。”乃乘舟至太平门，等到黄昏时才到观里。不久杨应能、叶希贤等13人同至。
上面这段文字的真实性的确让人有所怀疑，可谷应泰偏偏讲得栩栩如生，至此，建文帝似削发为僧，继承了祖业。真是令人真假难辨，清代名人吕安世和近人蔡东藩等则采信之。建文帝到底是自焚而死呢，还是由密道逃离南京？史学家对此各持一说，尚无定论。当年清朝编修《明史》之时，明史馆中诸史臣即对此意见不一。撰写《明史?恭闵帝本纪》的徐嘉炎认为建文帝未死于火，而是逊国外逃。而同在明史馆的著名学者朱彝尊则相信《明实录》的记载，认为建文帝已死于火。于是，正如我们所见，《明史?恭闵帝本纪》便有如下的表述：“宫中火起，帝不知所终。”看来当时谁也拿不出证据证明自己的观点，只好选择这种折中的意见。
现在，随着对建文帝出亡问题研究的不断深入，对史料掌握的不断增多，相信建文帝未自焚而是出亡的人渐多。那么，明成祖朱棣礼葬的是建文帝吗？有人认为当时下葬的并不是建文帝而很可能是马皇后。朱棣在废墟中找到的尸身面目全非，难以分辨真伪。而且，史料没有发现安葬马皇后的记载。还有一点值得注意的是，在明朝中后期竟然没有人知道建文帝葬于何处，可见当时的人也都不认为真的安葬过建文帝，因此不用祭奠扫墓，时间久远就变得无人知晓了。其实，朱棣本人也可能知道礼葬的并不是建文帝本人，但这并不影响举行礼葬仪式，因为只有这样才可以遮蔽天下人耳目，才可以名正言顺地坐上皇帝的宝座。
另外的一个疑点就是城破时没有发现建文帝的长子。当时建文帝有两个皇子：长子朱文奎，7岁，次子朱文圭，2岁。朱文圭，史称建庶人，被成祖幽禁在广安宫，直到英宗天顺年间才被放出来，当时已经57岁了。由于一直被关在宫内，出来时连牛马都分辨不清。然而作为建文帝长子的朱文奎却一直下落不明，《明史》中说“燕师入，七岁矣，莫知所终”。既然朱文奎可以逃脱，没有理由相信建文帝不能出亡。而且，所谓的“靖难之役”长达4年，并非朝夕之间，建文帝有充分的时间准备。朱棣进入南京时，江南、西北、西南、东南等大部分还都不在朱棣的控制之下，建文帝有能力组织有效的反攻。
也有人指出，建文帝自焚身亡是历史真实，因为当时燕军兵临城下，把紫禁宫团团围住，建文帝想逃也来不及了，更何况经考查也无鬼门、御沟逃路。建文帝也深知他的四叔是个贪权无厌、残暴无情的武夫，落在他手里决无好下场，不如以死了之为上策。燕王朱棣也绝不会让建文帝活下去，否则，他就不能当皇帝。
那么，既然建文帝有可能逊国出亡，他又去了哪里呢？综合各种资料，有如下几种说法：
2.1.逊国为僧，云游四方正如《明史纪事本末》记载，建文帝从南京逃出后，带着杨应能、叶希贤、程济两比丘一道，隐名易服，云游天下。学者根据地方志、遗迹、遗址等资料考证，认为建文帝曾流亡于云南、贵州、四川、湖北、江浙、广东等地，《明史纪事本末》说他为逃脱追捕，“西游重庆，东到天台，转入祥符，侨居西粤，中间结庵于白龙，题诗于罗永，两入荆楚之乡，三幸史彬之第”。
西南数省，留有很多有关建文帝的遗址和传说。徐霞客在《徐霞客游记》中记载有建文帝曾在贵州白云山修行时遗留的遗迹：“有巨杉二株，爽立磴（dèn?）旁，大合三人抱；西一株为火伤其顶，乃建文君所手植也。再折而西半里，为白云寺，则建文君所开山也；前后架阁两重。有泉一坎，在后阁前槛下，是为‘跪勺泉’。下北通阁下石窍，不盈不涸，取者必伏而勺，故名曰‘跪’，乃神龙所供建文君者。中通龙潭，时有金鲤出没云。由阁西再北上半里，为流米洞。洞悬山顶危崖间，其门南向，深仅丈余，后有石龛，可旁为榻。其右有小穴，为米所从出流以供帝者，而今无矣。左有峡高迸，而上透明窗，中架横板，犹云建文帝所遗者，皆神其迹者所托也。洞前凭临诸峰，翠浪千层，环拥回伏，远近皆出足下。洞左构阁，祀建文帝遗像（阁名‘潜龙胜迹’，像昔在佛阁，今移置此）乃巡方使胡平运所建，前瞰遥山，右翼米洞，而不掩洞门，其后即山之绝顶。”
一些书中还记载有建文帝的诗文，虽然无法判断是否是后人假托，但还是有些符合建文帝身份的。下面这首诗据说是建文帝避难贵州金竺（今贵州广顺）时所作：
风尘一夕忽南侵，天命潜移四海心。
凤返丹山红日远，龙归沧海碧云深。
紫微有象星还拱，玉漏无声水自沉。
遥想禁城今夜月，六宫犹望翠华临。
此外，在《明史?姚广孝传》和《胡?传》里记载：明成祖朱棣当了皇帝后，对建文帝自焚而死，也产生过怀疑，又听说了很多传言，有人告诉他那具烧焦的尸体是马皇后的，建文帝削发为僧外逃了。他就把建文帝的主录僧溥洽抓了起来关进监狱长达十余年，逼他供出建文帝下落。《明史?胡传》载“惠帝之崩于火，或言遁去，诸旧臣多从者，帝(指成祖)疑之。(永乐)五年遣颁御制诸书，并访仙人张邋遢，遍行天下州郡乡邑，隐察建文帝安在，以故在外最久。”即朱棣是让户科都给事中胡?以颁布御制诸书和访寻张邋遢的名义，遍行郡、乡、邑，搜寻建文帝的下落，前后长达16年之久。这里所说的张邋遢，就是小说中经常出现的张三丰。他是个奇人，不修边幅，飘忽不定，据说能一日千里。成祖对胡?侦缉建文帝的事情非常重视，不允许胡?为母“丁忧”的请求（官员父母逝世，应守孝三年，称为丁忧）。
《明史》中说：“先未至，传言建文蹈海去，帝分遣内臣郑和数辈浮海下西洋，至是疑始释。”就是说，朱棣得不到确切消息，故另派郑和下西洋“欲寻踪迹”。
一直到永乐二十一年（1423年）的一个晚上，胡?匆忙赶回北京，恰巧成祖北征驻军宣府。胡?赶到宣府时成祖已经睡下了，但听说胡?回来了，急忙穿上衣服，在卧室单独召见。二人一直谈到四更。看来胡?是打听到了建文的确切消息，似乎事隔多年建文帝已经没有重夺帝位的想法了，成祖朱棣由此放心，不在究问建文帝踪迹。
2.2.漂洋出海，不知所终有传言建文帝泛舟出海，去了南洋，并在某个小岛上过着自食其力的恬然隐居生活。当时中国去往南洋的人很多，据说张士诚失败后，他的一些部下就逃往南洋，拓荒移民。近人有人考证建文帝避难泉州开元寺，并在开元寺扬帆出海，最终隐居印尼苏门答腊岛东海岸，然而没有更多的证据，仅仅是猜测而已。
成祖朱棣担心建文帝纠集当地的中国人，或者是以宗主的身份号召南洋诸国兴兵，因此很不放心，特意派遣郑和数下西洋，一为宣扬国威，一为踪迹建文帝。据《明史》载 ：“成祖疑惠帝亡海外，欲踪迹之，且欲耀兵异域，示中国富强。永乐三年六月，命和及其侪王景弘等通使西洋，将士卒二万七千八百余人，多赍金币。”在郑和的船队里，还有一部分是锦衣卫，专门负责侦缉，至于是否探知建文帝踪迹,就不得而知了。
2.3.北京西山说 谷应泰《明史纪事本末》和郑晓《吾学篇》中，记载有正统七年，建文帝因年纪已老，就到广西思恩州官府，自称是建文帝。当地官员急忙上报朝廷，将其送至京师。朝廷派老宦官吴亮前去辨认。建文帝一见到他就叫出了他的名字，吴亮否认。建文帝又说当年他进膳时，扔一片鹅肉到地上，吴亮像狗一样趴下去吃掉。吴亮听后伏地大哭，回去后就上吊死了。建文帝被迎入西内，老死于宫中，葬于西山，不封不树。
其实这是谣言，不过还是有一定根据的。《英宗实录》载正统五年（1440年）十一月，有个僧人从云南到广西，自称是建文帝，年90余岁。当地官员将其遣送到京师，大臣们怀疑他是假冒的。经过究问，他承认本名叫杨行祥，河南人，洪武17年为僧，受到别人的蛊惑才假冒建文帝的。于是英宗将其押入大牢，过了4个月就死在狱中了，同谋的12名僧人被发配到辽东守边。
2.4.江苏吴县说 《文汇报》的记者徐作生通过查阅文献和亲自到江苏吴县去考察，发现了建文帝出亡时遗留下的一些遗迹、遗物，并结合文献资料，认为建文帝当年离开紫禁宫后，削发为僧，既没有去神乐观，也没有去西南、东南周游避难，而是被僧司溥洽所救，一直藏于江苏吴县普济寺内，此后一心为僧，无复国之意。不多久姚广孝归隐禅寺，在姚广孝的监护下，建文帝隐藏于穹窿山皇驾庵，直到永乐二十一年(1423年)病殒于此，终年47岁，葬于庵后山坡上。这也自成一说。
2.5.四川望京寺说 有人则认为建文帝在四川平昌佛罗寺躲藏过，并病逝于此，葬于寺后山坡上。建文帝之所以选择佛罗寺，是喜欢这里偏僻难寻，不容易被发现。因他常常面向京城的方向暗自哭泣，后人就把佛罗寺改称望京寺。
2.6.还有一种说法，据《江油县志》记载：明朝建文帝(朱允?)兵败归隐此山。不详。
2.7.另外，近几年有人自称建文帝后人，献出《让氏家谱》，称建文帝通过地道逃离南京，假扮僧道，云游各地，后隐居于武昌，死后就葬在武昌洪山。当然，这一说法还有待于进一步的验证。
对建文帝出亡谜案的解释、传说、附会决不是上面列出的几种，有许多凄美的故事在许多书籍、口头上流传开来，而且也必将流传下去。也有人指出，建文帝自焚身亡，朱棣为了不留下“杀侄夺位”之臭名，故意苦心寻找建文帝下落，留下了历史疑案，这可能是朱棣的用心之机。
综上，朱棣在即位后，下令搜寻建文帝，这是历史事实。但他的真实用心及建文帝的真正下落和结局到底怎样，谁也没有确凿的证据，至今仍是一个难以解开的历史之谜。各类词书字典，也只好注明；“建文帝不知所终”。
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