首先，传播到地球的太阳质子会影响地球极区电离层，引起极盖吸收。这时低频信号的振幅和位相会由于电离层电子密度的增加而改变，从而影响通讯和导航。粒子能量越高，扰动就越强。
其次，来自太阳的高能质子辐射会影响航天器的正常运行。航天器最容易受到损坏的一是电子元器件；二是太阳能电池板。1991年3月的高能粒子事件也使欧洲海事通讯卫星MARECS-A因表面带电引起局部弧光放电，损坏了太阳能电池板，使其输出功率下降到正常使用水平而退出服务。我国的“风云一号”气象卫星在1990年9月升空后，不久就受到质子事件产生的高能粒子的轰击，卫星上主控计算机发生多次单粒子翻转事件导致卫星在空间翻转，造成卫星过早失效。
此外，高能粒子辐射的增强将会对宇航员、甚至可能对高空飞行客机中的乘客造成伤害。在执行航天任务时受到高能粒子辐射会使宇航员在未来几年致癌的几率大大增加。
随着空间技术的快速发展，质子事件造成的损失会更加严重和广泛，因此，对质子事件进行深入的研究，掌握质子事件的的规律并对它进行预报，具有很重要的意义。如能准确预报质子事件及其可能造成的危害，人们便可以采取必要的保护措施，对电子元件进行抗辐射加固，确保卫星和载人航天器的安全飞行；还可以为采取预防和应变措施赢得宝贵时间，尽可能的降低经济损失；同时也为航天器的故障分析和采取防护措施及宇航员的安全防护提供科学依据。
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