平行志愿投档遵循“分数优先、遵循志愿、一轮投档”原则。平行志愿投档时，按考生的高考合成总分，分文、理科从高到低排序，然后逐分逐个地按考生填报志愿的字母先后顺序检索考生填报的志愿。一旦检索到符合进档的志愿，则不再继续检索，实行一次投档。
平行志愿各批次投档录取过程
第一批本科、第二批本科、第三批高职(专科)，各批“平行志愿”与“征求志愿”分别只实行一轮投档。每批录取结束后，再进行下一批录取。每批次平行志愿录取过程如下：
第一步排序：将所有满足该批次分数线的考生(不包含前面批次已被录取的考生)，分文科和理科从高分到低分排序，使每个考生都确定自己所处的位置。
第二步检索(分档)：将考生档案分到高校的数据库档案中。由计算机将排好序的考生从高分到低分逐个进行检索，检索到的考生，对其所填的各志愿高校依次进行检索判断。当某一高校已分得的档案数小于投档数时，则将档案分到该校档案数据库，否则就对考生下一志愿高校进行检索判断。一旦检索到投档数未满的高校而被分档后，则不再对其后志愿检索。
第三步投档：当该批次所有满足条件的考生档案检索完毕后，对分好的本批次档案定向投往高校。这个过程是一次性地同时完成的。
第四步录取：高校根据已向社会公布的《招生章程》录取考生。
第五步确认：高校将确定的录取名单通过网络回传给招生录取现场进行录取检查，一旦完成录取就办理录取手续。与此同时，已经投档至高校但由于不符合高校录取条件的未录取考生档案也将被退回招生录取现场。
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1平行志愿填报注意事项
一、考生所填的志愿虽然平行，但在对考生个人志愿检索时还是要按A、B、C、D……字母的顺序逐个进行。因此A、B、C、D……高校志愿之间要有一定的落差。
二、不符合高校招生专业要求(体检、性别、外语口试、科目成绩等)的不要填。因为平行志愿只有一次投档机会，如果投档到高校因不符合专业招生要求被退档，只能参加征求志愿，失去了对后面志愿的检索机会。
三、“愿否专业调剂”项要慎重选择。在志愿表中，每报1所高校可以填6个专业，后面还有一个“愿否专业调剂”选项，用以表明考生在没有被自己所填专业录取时，是否愿意调剂到这所高校公布的其他专业。高校在专业调剂时将以考生“愿否专业调剂”栏所填数字为依据，不再征求考生的意见，所以考生在填写“愿意调剂”时要看清自己所报高校的全部专业及招生要求。
四、每所高校的志愿后面还有一个“愿否走读”选项。现在上海市本科高校一般都是住读，这个选项问题不是很大，但在报上海市高职(专科)时就要注意这个选项，因为有些高校的高职学院没有住宿条件，在《年上海市普通高等学校招生专业目录》中注明是走读的，如果考生在“愿否走读”项选择了“否”，就会被高校退档。
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