通过化学分析和光谱鉴定，人们才知道，给宝石"打扮"得五彩缤纷的却是些金属。有的宝石只含有一种金属，有的含有几种金属元素，并且金属的含量也不尽相同，因此颜色也就各不相同。
红宝石和墨绿宝石中，都含有金属铬；翠绿色的土耳其玉里面有铜；红玛瑙里面有铁。这些藏在宝石内部的金属的化合物，吸收了光线里的一部分色光，把其余的色光反射了出来，宝石的颜色就是由反射出来的光线的颜色决定的。
有些宝石的颜色，还跟它们的原子排列有关。青金石的蓝色，翠榴石的黄绿色，就是由它们晶体内部原子的分布规律决定的。
还有些漂亮的宝石，有时却是经过人工染色的。宝石染色的方法很别致。古时候的希腊人和罗马人，曾用过这样的方法加工玛瑙：先放在蜂蜜中煮几个星期，拿出来用清水洗干净以后再放在硫酸中煮几小时，结果染成了红色或黑色的带有条纹的缟玛瑙。乌拉尔居民的染色方法更是妙，他们把烟水晶嵌在面包里放到火上烘，就得到稀罕的金黄色烟水晶。
今天，随着科学技术的不断发展，人们又邀请了镭射线和紫外线来参加宝石的染色工作。
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