蒙古贵族势力退回北方草原，分为三部：兀良哈部、鞑靼部和瓦剌部，对明北方边境构成严重威胁。兀良哈部较早归顺明朝，而鞑靼部和瓦剌部不断南犯。因此，明太祖指出北方边境的防御不能忽略，要选将练兵，时刻备战。明成祖时，进行了十几年的防御战争。
明朝经营东北地区：
1409年，在东北的特林设立奴儿干都指挥使司。统辖东北地区。它的辖区西至斡难河，东越海直达库页岛、北抵外兴安岭，南濒日本海。明成祖和明宣宗曾数次派太监亦失哈等人巡视东北地区，安抚各民族，在特林建造了永宁寺，先后立碑两座，记录了明朝经营和管理奴儿干都司的史实。
明朝经营蒙古地区：
元朝灭亡后，长期散居于内地的蒙古族人民，主要从事农业生产，逐渐和汉人融合。明太祖曾经宣布以“赤子”视之，“有才能者，一体择用。”漠北草原上的蒙古族分为鞑靼，瓦剌等部，各自为政。鞑靼和瓦剌威胁着明朝北疆。永乐年间，鞑靼和瓦剌首领先后接受明朝的封号；明英宗时，明与瓦剌发生了土木堡之战，英宗被俘。同年瓦剌大举进攻北京，被明军击败，后陷入了分裂；明中期，国力衰退，为防止蒙古骑兵南下，修缮长城，加强了边防驻兵。明后期，鞑靼首领俺答汗与明朝修好。明封他为顺义王，恢复封贡互市。蒙汉两族和平友好了数十年。
明朝经营东北地区：
洪武四年，明朝接替了元朝在东北的统治，设辽都指挥使司。后来改为辽东都指挥使司。永乐年间，明先后设置了建州卫、建州左卫、建州右卫。
洪武年间，居于黑龙江下游的奴儿干地区归降，明置奴儿干卫。明成祖时设立奴儿干都指挥使司。它的辖区西至斡难河，东越海直达库页岛、北抵外兴安岭，南濒日本海。明成祖和明宣宗曾数次派太监亦失哈等人巡视东北地区，安抚各民族，在特林建造了永宁寺，先后立碑两座，记录了明朝经营和管理奴儿干都司的史实。
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